Chu xa là gì? Các công bố khoa học về Chu xa

Một phương pháp đã được đưa ra để chuyển giao điện di protein từ gel polyacrylamide sang tấm nitrocellulose. Phương pháp này cho phép chuyển giao định lượng protein ribosome từ gel có chứa ure. Đối với gel natri dodecyl sulfate, mô hình ban đầu của dải vẫn giữ nguyên mà không mất độ phân giải, nhưng việc chuyển giao không hoàn toàn định lượng. Phương pháp này cho phép phát hiện protein bằng phương pháp tự động chụp ảnh phóng xạ và dễ dàng hơn so với các quy trình thông thường. Các protein cố định có thể được phát hiện bằng các quy trình miễn dịch học. Tất cả dung lượng liên kết bổ sung trên nitrocellulose được chặn bằng protein dư thừa, sau đó một kháng thể đặc hiệu được liên kết và cuối cùng, kháng thể thứ hai chống lại kháng thể thứ nhất được liên kết tiếp. Kháng thể thứ hai được đánh dấu phóng xạ hoặc liên hợp với fluorescein hoặc với peroxidase. Protein đặc hiệu sau đó được phát hiện bằng cách chụp ảnh phóng xạ tự động, dưới ánh sáng UV, hoặc bằng sản phẩm phản ứng với peroxidase, tương ứng. Trong trường hợp sau, chỉ cần 100 pg protein có thể được phát hiện rõ ràng. Dự kiến phương pháp này sẽ có thể áp dụng để phân tích nhiều loại protein khác nhau với các phản ứng hoặc liên kết đặc hiệu.

Một hàm mật độ mới (DF) thuộc loại xấp xỉ gradient tổng quát (GGA) cho các ứng dụng hóa học chung có tên là B97‐D được đề xuất. Nó dựa trên phương án chuỗi lũy thừa của Becke từ năm 1997 và được tham số hóa rõ ràng bằng cách bao gồm các hiệu chỉnh phân tán cặp nguyên tử dạng triệt tiêu C₆ · R⁻⁶. Một sơ đồ tính toán tổng quát cho các tham số được sử dụng trong hiệu chỉnh này đã được thiết lập và các tham số cho các nguyên tố lên tới xenon và một hệ số tỷ lệ cho phần phân tán cho một số hàm mật độ thông thường (BLYP, PBE, TPSS, B3LYP) được báo cáo. Hàm mới được thử nghiệm so sánh với các GGAs khác và hàm lai B3LYP trên các bộ tiêu chuẩn kiểm tra nhiệt hóa học, cho 40 hợp chất liên kết không cộng hóa trị, bao gồm cả các phân tử thơm xếp chồng lớn và cụm nguyên tố nhóm II, và cho việc tính toán hình học phân tử. Thêm vào đó, các bài kiểm tra chéo được thực hiện cho các phản ứng hữu cơ kim loại và các vấn đề khó khăn khác đối với các hàm tiêu chuẩn. Tóm lại, tìm thấy rằng B97‐D thuộc vào một trong những GGAs đa năng chính xác nhất, đạt đến, ví dụ cho bộ G97/2 của nhiệt hình thành, một độ lệch tuyệt đối trung bình chỉ có 3.8 kcal mol⁻¹. Hiệu suất cho các hệ thống liên kết không cộng hóa trị bao gồm nhiều phức hợp van der Waals thuần rất tốt, đạt đến độ chính xác CCSD(T) trung bình. Chiến lược cơ bản trong phát triển để hạn chế mô tả hàm mật độ đến chiều dài tương quan electron ngắn hơn và mô tả các tình huống với khoảng cách giữa các nguyên tử trung bình đến lớn bằng các thuật ngữ C₆ · R⁻⁶ triệt tiêu dường như rất thành công, như chứng minh cho một số phản ứng khó khăn nổi tiếng. Chẳng hạn, đối với sự đồng phân hóa của các alkan nhánh lớn hơn sang alkan thẳng, B97‐D là hàm duy nhất có sẵn đưa ra dấu đúng cho sự chênh lệch năng lượng. Từ quan điểm thực tế, hàm mới dường như khá chắc chắn và do đó được đề xuất như một phương pháp hóa học lượng tử hiệu quả và chính xác cho các hệ thống lớn nơi lực phân tán có tầm quan trọng chung. © 2006 Wiley Periodicals, Inc. J Comput Chem 2006

Protein là yếu tố thiết yếu của sự sống, và việc hiểu cấu trúc của chúng có thể tạo điều kiện thuận lợi cho việc hiểu cơ chế hoạt động của chúng. Thông qua một nỗ lực thử nghiệm khổng lồ^1–4, cấu trúc của khoảng 100.000 protein độc nhất đã được xác định⁵, nhưng điều này chỉ đại diện cho một phần nhỏ trong hàng tỷ chuỗi protein đã biết^6,7. Phạm vi bao phủ cấu trúc đang bị thắt nút bởi thời gian từ vài tháng đến vài năm cần thiết để xác định cấu trúc của một protein đơn lẻ. Các phương pháp tính toán chính xác là cần thiết để giải quyết vấn đề này và cho phép tin học cấu trúc lớn. Việc dự đoán cấu trúc ba chiều mà một protein sẽ chấp nhận chỉ dựa trên chuỗi axit amin của nó - thành phần dự đoán cấu trúc của 'vấn đề gấp nếp protein'⁸ - đã là một vấn đề nghiên cứu mở quan trọng trong hơn 50 năm⁹. Dù đã có những tiến bộ gần đây^10–14, các phương pháp hiện tại vẫn chưa đạt đến độ chính xác nguyên tử, đặc biệt khi không có cấu trúc tương đồng nào được biết đến. Tại đây, chúng tôi cung cấp phương pháp tính toán đầu tiên có khả năng dự đoán cấu trúc protein với độ chính xác nguyên tử ngay cả trong trường hợp không có cấu trúc tương tự nào được biết. Chúng tôi đã xác nhận một phiên bản thiết kế hoàn toàn mới của mô hình dựa trên mạng neuron, AlphaFold, trong cuộc thi Đánh giá Cấu trúc Protein Phê bình lần thứ 14 (CASP14)¹⁵, cho thấy độ chính xác có thể cạnh tranh với các cấu trúc thử nghiệm trong phần lớn các trường hợp và vượt trội hơn các phương pháp khác đáng kể. Cơ sở của phiên bản mới nhất của AlphaFold là cách tiếp cận học máy mới kết hợp kiến thức vật lý và sinh học về cấu trúc protein, tận dụng các sắp xếp nhiều chuỗi, vào thiết kế của thuật toán học sâu.

Tín hiệu thông qua thụ thể tyrosine kinase Ror2 thúc đẩy sự hình thành invadopodia cho sự xâm lấn của khối u. Ở đây, chúng tôi xác định vận chuyển nội cờ 20 (IFT20) là một mục tiêu mới của tín hiệu này trong các khối u thiếu silia nguyên phát, và phát hiện rằng IFT20 điều hòa khả năng của tín hiệu Ror2 trong việc làm tăng tính xâm lấn của các khối u này. Chúng tôi cũng tìm thấy rằng IFT20 điều tiết sự nucle hóa của các vi ống từ Golgi bằng cách ảnh hưởng đến phức hợp GM130-AKAP450, điều này thúc đẩy sự hình thành dây Golgi trong việc đạt được bài tiết phân cực cho sự di chuyển và xâm lấn của tế bào. Hơn nữa, IFT20 nâng cao hiệu quả vận chuyển qua phức hợp Golgi. Những phát hiện này đem lại cái nhìn mới về cách tín hiệu Ror2 thúc đẩy tính xâm lấn của khối u, và cũng nâng cao hiểu biết về cách cấu trúc và vận chuyển Golgi có thể được điều chỉnh.

Một mô hình chuyển giao bức xạ nhanh và chính xác (RRTM) cho các ứng dụng khí hậu đã được phát triển và kết quả được đánh giá rộng rãi. Phiên bản hiện tại của RRTM tính toán lưu lượng và tốc độ làm mát cho vùng phổ bức xạ dài (10–3000 cm⁻¹) cho một bầu khí quyển trong suốt tùy ý. Các loài phân tử được xử lý trong mô hình bao gồm hơi nước, carbon dioxide, ozone, methane, nitrous oxide, và các halocarbon phổ biến. Chuyển giao bức xạ trong RRTM được thực hiện bằng phương pháp đồng kết-k: các phân bố k được thu được trực tiếp từ mô hình line‐by‐line LBLRTM, kết nối các hệ số hấp thụ mà RRTM sử dụng với các xác thực bức xạ ở độ phân giải cao được thực hiện bằng các quan sát. Các phương pháp tinh chỉnh đã được phát triển để xử lý các băng tần chứa các khí có khả năng hấp thụ chồng chéo, để xác định giá trị của hàm Planck thích hợp để sử dụng trong phương pháp đồng kết-k, và cho việc đưa vào các loài hấp thụ nhỏ trong một băng tần. Kết quả lưu lượng và tốc độ làm mát của RRTM được liên kết với đo lường thông qua việc sử dụng LBLRTM, đã được xác thực một cách đáng kể với các quan sát. Các xác thực RRTM sử dụng LBLRTM đã được thực hiện cho mùa hè ở trung lục địa, nhiệt đới, mùa đông trung lục địa, mùa đông cận cực và bốn bầu khí quyển từ chiến dịch Thí nghiệm Bức xạ Quang phổ. Dựa trên những xác thực này, độ chính xác bức xạ dài của RRTM cho bất kỳ bầu khí quyển nào là như sau: 0,6 W m⁻² (so với LBLRTM) cho lưu lượng ròng ở mỗi băng tần tại mọi độ cao, với lỗi tổng cộng (10–3000 cm⁻¹) nhỏ hơn 1,0 W m⁻² tại bất kỳ độ cao nào; 0,07 K d⁻¹ cho lỗi tổng tốc độ làm mát trong tầng đối lưu và tầng bình lưu thấp, và 0,75 K d⁻¹ trong tầng bình lưu trên và cao hơn. Các so sánh khác đã được thực hiện trên RRTM sử dụng LBLRTM để đo lường độ nhạy của nó đối với sự thay đổi trong độ phong phú của các loài cụ thể, bao gồm các halocarbon và carbon dioxide. Sự cưỡng bức bức xạ do việc tăng gấp đôi nồng độ carbon dioxide được đạt được với độ chính xác 0,24 W m⁻², với lỗi nhỏ hơn 5%. Tốc độ thực hiện của RRTM so với các mô hình bức xạ nhanh khác cho thấy rằng mô hình này phù hợp để sử dụng trong các mô hình tuần hoàn chung.

Một thư viện DNA bổ sung được khởi tạo ngẫu nhiên từ huyết tương chứa tác nhân viêm gan không A, không B chưa được xác định (NANBH) và được sàng lọc bằng huyết thanh từ một bệnh nhân được chẩn đoán mắc NANBH. Một clone DNA bổ sung đã được tách ra và cho thấy mã hóa một kháng nguyên liên quan đặc hiệu đến các nhiễm trùng NANBH. Clone này không xuất phát từ DNA của chủ thể mà từ một phân tử RNA có mặt trong các nhiễm trùng NANBH, có chiều dài ít nhất 10.000 nucleotide và có chuỗi dương liên quan đến kháng nguyên NANBH đã mã hóa. Dữ liệu này cho thấy clone này xuất phát từ bộ gen của tác nhân NANBH và nhất quán với việc tác nhân này có thể tương tự như togaviridae hoặc flaviviridae. Phương pháp phân tử này được cho là có giá trị lớn trong việc tách rời và xác định các tác nhân gây bệnh truyền nhiễm chưa được biết đến khác.

Entropy, trong mối quan hệ với các hệ thống động, là tỷ lệ sản xuất thông tin. Các phương pháp ước lượng entropy của một hệ thống được biểu diễn bằng chuỗi thời gian không phù hợp với phân tích các tập dữ liệu ngắn và ồn ào mà gặp phải trong các nghiên cứu về tim mạch và các sinh học khác. Pincus đã giới thiệu entropy xấp xỉ (ApEn), một tập hợp các biện pháp về độ phức tạp của hệ thống rất gần liên quan đến entropy, dễ dàng được áp dụng cho các chuỗi thời gian tim mạch lâm sàng và khác. Tuy nhiên, thống kê của ApEn dẫn đến các kết quả không nhất quán. Chúng tôi đã phát triển một biện pháp phức tạp mới và liên quan, entropy mẫu (SampEn), và đã so sánh ApEn và SampEn bằng cách sử dụng chúng để phân tích các tập hợp số ngẫu nhiên với đặc điểm xác suất đã biết. Chúng tôi cũng đã đánh giá cross-ApEn và cross-SampEn, sử dụng các tập dữ liệu tim mạch để đo sự tương đồng của hai chuỗi thời gian khác nhau. SampEn đồng thuận với lý thuyết gần gũi hơn nhiều so với ApEn qua một dải điều kiện rộng. Độ chính xác cải thiện của thống kê SampEn nên làm cho nó hữu ích trong việc nghiên cứu các chuỗi thời gian sinh lý lâm sàng và các sinh học khác.

Các tế bào được kích thích và tế bào ung thư có sự rút ngắn phổ biến các vùng không dịch mã 3’- (3’UTR) và chuyển sang các isoform mRNA ngắn hơn do việc sử dụng các tín hiệu polyadenylation (PAS) gần hơn trong các intron và exon cuối. U1 snRNP (U1), RNA hạt nhỏ không mã hóa (spliceosomal) phong phú nhất ở động vật có xương sống, làm tắt các PAS gần và việc ức chế nó bằng các oligonucleotide morpholino chống nghĩa (U1 AMO) sẽ gây ra việc ngừng phiên mã sớm rộng rãi và sự rút ngắn mRNA. Ở đây, chúng tôi cho thấy rằng liều lượng thấp của U1 AMO làm tăng sự di chuyển và xâm nhập của tế bào ung thư in vitro lên tới 500%, trong khi sự biểu hiện quá mức của U1 có tác động ngược lại. Ngoài chiều dài 3’UTR, nhiều thay đổi trong toàn bộ transcriptome có thể góp phần vào kiểu hình này được quan sát, bao gồm việc cắt nối thay thế và mức độ biểu hiện mRNA của các proto-oncogen và các gen ức chế khối u. Những phát hiện này tiết lộ một vai trò bất ngờ của sự cân bằng U1 (U1 có sẵn so với phiên mã) trong các trạng thái tế bào ung thư và được kích hoạt, và gợi ý U1 như một mục tiêu tiềm năng cho việc điều chỉnh chúng.

Các đường cong chuẩn hóa carbon phóng xạ IntCal09 và Marine09 đã được điều chỉnh bằng cách sử dụng các tập dữ liệu mới có sẵn và được cập nhật từ các phép đo ¹⁴C trên vòng cây, tàn dư thực vật lớn, thạch nhũ, san hô và foraminifera. Các đường cong chuẩn hóa được xây dựng từ dữ liệu bằng cách sử dụng mô hình ngẫu nhiên đi bộ (RWM) mà đã được sử dụng để tạo ra IntCal09 và Marine09, đã được điều chỉnh để tính đến các bất định và cấu trúc lỗi bổ sung. Các đường cong mới này đã được phê chuẩn tại Hội nghị quốc tế về Carbon phóng xạ lần thứ 21 vào tháng 7 năm 2012 và có sẵn dưới dạng Tài liệu bổ sung tại www.radiocarbon.org. Cơ sở dữ liệu có thể được truy cập tại http://intcal.qub.ac.uk/intcal13/.